2003年,在以美国为首的多国部队入侵伊拉克后不久,阿布·巴克尔·巴格达迪(Abu Bakr Al-Baghdadi,1971年生于萨马拉,真名Ibrahim Awwad Ibrahim Al-Badri)帮助建立一个武装组织来对抗多国联军。
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(伊斯兰国头目巴格达迪)
2004年2月,巴格达迪被捕后,被送往美国在伊拉克的监狱布卡营(Camp Bucca),在那里他遇到了前复兴社会党(Baathist)的军事指挥官和宗教极端分子。
2006年,阿布·穆萨布·扎卡维(Abu Musab al-Zarqawi)一个前往阿富汗对抗俄罗斯,并拥有建立伊斯兰国家野心的约旦人,创立了逊尼派的联盟组织,由在伊拉克的基地组织领导。巴格达迪在该组织成立初期便加入了该组织。扎卡维在美军空袭中死亡后,一个名叫阿布·艾尤卜·马斯里(Abu Ayoub al-Masri)的埃及人继承了他的位置,并宣称伊拉克的伊斯兰国家(the Islamic State of Iraq)的成立,巴格达迪成为了宗教事务的负责人。
2010年5月,马斯里死后,巴格达迪成为了该组织的领导人。
2012年9月,巴格达迪组织了在萨达姆家乡提克里特发生的自杀式汽车炸弹袭击,目的在于释放被关押的极端分子,他将自己定位为在伊拉克被夺权的逊尼派的维护者。一年多后,其组织占领了伊拉克西部城市费卢杰。
2013年4月,伊拉克的伊斯兰国家更名为伊拉克的伊斯兰国家与黎凡特(The Islamic State of Iraq and The Levant),也就是后来的“伊斯兰国(ISIS)”组织。该组织通过叙利亚东部的石油和税收来获取资金。
2014年1月,巴格达迪领导的激进分子完全控制了叙利亚城市拉卡,该城市成为了该组织的实际意义上的“首都”。
2014年2月,基地组织正式宣布结束巴格达迪领导的组织的关系,该组织走向了更为极端和独立。
2014年6月29日,该组织在互联网上宣称自己成立了一个伊斯兰“国家”,头目阿布·巴克尔·巴格达迪成为“国王”。
2014年8月8日,作为回应,美国宣布对该武装组织进行空袭。
2014年9月5日,该组织成员斩首了美国记者詹姆斯·弗利(James Foley)以报复美国空袭。
2015年2月3日,该组织烧死了约旦飞行员Muath Safi Al-Kaseasbeh。
2015年3月19日,该组织声称对突尼斯国会大厦旁的博物馆18日发生武装分子袭击事件负责。
2015年3月31日,美国支持的伊拉克部队夺回提克里特。
2015年6月26日,该组织制造了突尼斯海滩袭击事件,共造成37人死亡。
2015年10月10日,该组织在土耳其制造自杀式炸弹袭击,死亡人数超过100人。
2015年11日13日,该组织在法国巴黎发动连环恐怖袭击,目前死亡人数已超过130人。